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Luigi Berlinguer ha iniziato la carriera accademica all’Università di Siena come assistente volontario nel 1955 presso la Cattedra di Storia del Diritto italiano della facoltà di Giurisprudenza, per passare poi agli insegnamenti del Diritto italiano e della Storia delle istituzioni politiche. Trasferitosi nel 1973 a Sassari viene nominato Ordinario di Esegesi delle fonti del diritto. Rientra presso l’Università di Siena e nel 1984 viene nominato Direttore del Dipartimento di Studi politici e di Storia giuridico-politica. Nel 1985 viene nominato Rettore, carica che manterrà fino al 1994. Nello stesso periodo ricopre anche l’incarico di Segretario Generale della Conferenza Permanente dei Rettori (CRUI).
Eletto per la prima volta Rettore dell’Università di Siena per il triennio 1985-1988 il Professor Berlinguer ha impostato rilevanti iniziative che hanno cambiato in modo significativo l’Ateneo senese. Durante i suoi mandati si adopera per lo sviluppo di una politica di cooperazione scientifica internazionale con altri atenei italiani e stranieri e per collocare l’Università al centro della vita cittadina e nazionale. Avanza la centralità di Siena come città universitaria, anche adoperandosi per risolvere il problema degli alloggi studenteschi rapportandolo alle esigenze della città campus.
Nel 1987 è tra i Rettori che promuovono un appello a favore dell’Università italiana in cui si chiedono interventi nel campo del diritto allo studio e dell’insegnamento, dell’autonomia degli atenei, dello sviluppo edilizio e del reclutamento scientifico.
A Siena Berlinguer promuove la programmazione di un vero piano edilizio che prevede la costruzione di nuovi edifici a San Miniato e interventi presso la Certosa di Pontignano. Durante il suo mandato si terrà l’inaugurazione della biblioteca centrale - la cripta - delle facoltà di Scienze Economiche e Bancarie e di Giurisprudenza (Circolo Giuridico).
Nel 1986 gli viene conferito il titolo di “Commendatore dell’Ordine di Merito” della Repubblica Italiana.
Nominato nel 1988 nella Commissione per l’autonomia universitaria coordinata dal professor Sabino Cassese, nel maggio 1988 viene confermato Rettore al primo scrutinio. Ed è sotto il suo secondo mandato che vengono presentati due progetti architettonici di grande importanza, la sede per la facoltà di Farmacia e degli Istituti biologici della facoltà di Medicina, oltre al centro sportivo universitario, da costruire nel quartiere di San Miniato a Siena.
Durante il suo mandato, nel 1990 si celebrano i festeggiamenti per il 750° anniversario dell’Università di Siena, che avranno come prologo la riunione dedicata della Commissione cultura del Parlamento europeo.
Nello stesso periodo viene nominato socio onorario dell’Accademia dei Fisiocritici.
Rieletto Rettore per la terza volta nel maggio 1991 Berlinguer lascerà la carica nel febbraio del 1994 per divenire parlamentare. Deputato per diverse legislature e poi Senatore, è stato Presidente della Commissione Affari Europei della Camera dei Deputati ed europarlamentare. Diviene Ministro dell'Università e della ricerca scientifica e tecnologica nel 1993 e nel 1996-98 e poi Ministro della Pubblica istruzione dal 1996 al 2000.