Gli obiettivi specifici per i dottori magistrali in Archeologia possono essere così definiti:
- acquisizione di avanzate competenze disciplinari, metodologiche e operative nel settore dell'archeologia italiana, europea e del bacino del Mediterraneo (dalla Preistoria all'età Moderna), con conoscenza dei tradizionali strumenti di indagine e delle nuove tecnologie del settore;
- acquisizione di solide competenze nell'utilizzo di fonti differenti, di natura archeologica, storica, epigrafica e tecnica, nella ricostruzione del mondo antico;
- acquisizione di specifiche competenze nei settori della legislazione applicata al patrimonio archeologico, alla conservazione, musealizzazione e gestione del patrimonio culturale;
- acquisizione di specifiche competenze nell'impiego di tecnologie informatiche e strumenti di comunicazione telematica nei diversi e potenziali campi di applicazione al patrimonio archeologico;
- acquisizione della capacità di usare in modo fluente, in forma scritta e orale, almeno un'altra lingua dell'Unione Europea oltre l'italiano e di poter leggere con piena comprensione testi scientifici di argomento archeologico in almeno una diversa lingua europea.

Il Corso di Studio senese intende, in sintesi, predisporre ed indirizzare lo studente verso il riconoscimento della complessità del lavoro archeologico sul campo, equilibrando la formazione in aula ed in laboratorio con lo stimolo a lavorare in gruppo su temi di ricerca sempre più articolati, che abbiano un punto sicuro nella capacità di riconoscere il paesaggio, il sito ed il contesto archeologico come parte di un più articolato insieme culturale e storico.
Il quadro delle discipline archeologiche è infatti in forte trasformazione, in quanto alla necessità di sensibilizzare ed agganciare il mondo e le società attuali: il Corso di Studio intende enfatizzare l'elevato e potenziale valore sociale del lavoro archeologico, in termini di mediazione essenziale, nella complessità del mondo contemporaneo, per approfondire l'identità storica delle comunità, oggi sempre più transitoria e frammentata, fornendo loro strumenti per apprezzare in profondità la stratificazione dei paesaggi urbani, rurali e culturali. Particolare attenzione viene proposta nel percorso formativo al lavoro sul campo, con la partecipazione a progetti di ricerca diretti dai docenti, ai quali gli studenti sono invitati a prendere parte attiva fin dal termine del primo anno. Stage e tirocini formativi previsti nel secondo anno aiutano ed indirizzano l'inserimento nel mondo del lavoro.