Il Collegio Santa Chiara e il Rifugio sono strutture residenziali situate nel cuore della città, dove sono ospitati principalmente i dottorandi dell'Ateneo, oltre a visiting research students di altri Atenei, titolari delle chair e fellow della Scuola; vi possono essere organizzati convegni scientifici e workshop a cura dei docenti dell'Ateneo.
Le residenze del S. Chiara riservano annualmente un certo numero di camere per i soli dottorandi delle Scuole di dottorato dell'Università di Siena, che vi accedono tramite una graduatoria che viene stilata dopo aver superato la selezione per il concorso di dottorato (criteri di merito e di distanza da Siena del proprio luogo di residenza). L'alloggio viene dato per il periodo da ottobre a giugno, pagando una retta mensile, comprensiva di cena.
I dottorandi degli anni successivi al secondo possono richiedere di risiedervi per alcuni mesi, ma non per l'intero periodo, al fine di promuovere periodi di studio all'estero.
Le strutture residenziali fanno parte della Scuola Superiore Santa Chiara, istituita nel 2004, che raccoglie le Scuole di dottorato dell'Ateneo.
La Scuola Superiore si articola in progetti multidisciplinari che organizzano seminari di approfondimento, ospitando fellow ed esperti internazioni che contribuiscono ad assistere i dottorandi nelle loro attività di ricerca e che bandiscono annualmente Chair su discipline emergenti.
Il Santa Chiara organizza inoltre corsi di interesse comuni per tutti i dottorandi e favorisce gli scambi internazionali nella formazione post-laurea.
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